O esôfago de Barrett ocorre em pacientes com doença do refluxo gastroesofágico de longa duração (vários anos). Representa uma resposta adaptativa da mucosa esofágica à agressão causada pelo conteúdo estomacal, que segue sentido contrário ao normal, que é descendente.
Os fatores de risco para desenvolvimento do EB são:
- os que favorecem o refluxo gastroesofágico, e incluem a hérnia de hiato,
- a incompetência do esfíncter inferior do esôfago e o,
- refluxo do conteúdo duodenogástrico.

Ainda não se sabe ao certo por que o esôfago de Barrett somente se desenvolve em pessoas que possuem a doença do refluxo gastroesofágico.